Sejak berdirinya Republik Indonesia ada dua institusi kuat mewarnai Pendidikan Islam yaitu Departemen Agama dan Departemen Pendidikan dengan konsep terpadu atau kadang-kadang sendiri-sendiri. Teori/konsep diuji dalam praktek dan praktek memberi jawab kepada teori/konsep. Konsep pendidikan pesantren plus dengan santri/murid mondok adalah dianggap yang terbaik sekarang ini, dengan hasil santri/murid fasih materi Islam serta menguasai salah satu atau berbagai disiplin ilmu. Hasil itu adalah